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在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他...。守护者马丽娜失去了奇迹宝盒以及宝盒里的精灵。如今她只剩下奇迹米可幻奇，艾俊也只剩下自己的黑猫米可幻奇。马丽娜十分自责，对自己守护者的身份和能力产生了质疑。没有了宝盒中的其他米可幻奇，超级英雄小分队再也无法一并作战，而他们的敌人却变得更加强大。影魔蝶如今称呼自己为魔煞，拿到奇迹宝盒的他与最终的胜利咫尺之遥。在掠夺过来的米可幻奇超能力的加持下，魔煞的战斗力有了极大的提升。他还打造了全民“联盟”戒指计划，企图通过这个智能设备获取奇迹少女和黑猫罗尔的蛛丝马迹。魔煞把米可幻奇能量赋予被他黑化的人，制造出更强大的超能反派。我们的两位英雄主角孤身奋战，但他们将会比以往任何时候都更加团结。他们该如何打败强大的魔煞以及超能反派？。